寂然法师的公开信，惹恼了当时日军占领南京的军官，他们下达命令，要求寂然法师解散难民所。而此时栖霞寺面临的也还不只是解散的危险，从1937年12月开始，两万多难民不断涌入粮食储备本就不多的栖霞寺，栖霞寺面临着断粮的危险。不仅如此，被日军打伤的难民需要医药救治，这一切急坏了寂然法师和他的师兄弟。
面对着可能发生的粮荒，寂然法师为了救济难民，号召僧人一日两餐，以减少饮食，保证给难民供应一天两餐的稀粥，他亲自采来草药给伤者疗伤。他说：“修行之法，日食两餐，补济饥饿，救难民生命为第一修行大要。”
当时寺里有1000多亩良田，当家和尚把寺里所有的粮食都拿出来，寺里所有的空地都住满了人。可2万多人吃饭还是个大问题，寂然法师派佛家弟子下山筹粮。月基法师带着弟子进城，在静海寺一带千方百计从日本人手里拿到一点粮食和药品。月基14岁时留学过日本，靠着一口流利的京都口音的日语，月基法师成了难民营的外交官。但这个工作的危险性相当大，有一次月基法师带着4个弟子出去搞药材，结果只回来了两个人。
直到1938年3月，日本在南京结束了屠杀行为，两万多难民离开了栖霞寺，寂然法师才关闭栖霞寺难民所，但由于积劳成疾，心力交瘁，1939年10月12日，寂然法师溘然病逝。
书写公开信 揭露日军罪行
面对敌人多次袭扰栖霞寺，寂然法师义愤填膺公然书写公开信，通过丹麦工程师辛德贝格转交给了约翰·拉贝先生，并翻译成英语递交给日本大使，控诉日本军人的罪行。这封题为《以人类的名义致所有与此相关的人》的公开信，收录于《拉贝日记》第566页，成为揭露日军在南京所犯罪行的铁证。全文如下：
至此，我们向您简要汇报该地的情况及本寺庙所遇到的骚扰。
南京沦陷以来，每天都有数百人逃至我庙寻求保护，要求安置。我写此信的时候，寺庙里已聚集了2.04万人，大部分为妇女和儿童，男人们几乎都被枪杀或被掳去为日本士兵当苦力。
下面，我们扼要地列出日本士兵自今年1月4日以来所犯下的罪行：
1月4日：一辆载着日本士兵的卡车驶来，他们掠走了9头牛，并勒令中国人为其宰杀，以便把牛肉运走。与此同时，他们放火焚烧邻近的房屋以消磨时光。
1月6日：从河上来了很多日本士兵，他们抢走了难民的1头毛驴，并抢走了18个铺盖卷。
1月7日：日本士兵强奸了一位妇女和一个年仅14岁的少女，抢走了5个铺盖卷。
1月8日和9日：有6位妇女被日本士兵强奸。他们像往常一样闯进寺庙，寻找最年轻的姑娘，用刺刀威逼她们就范。
1月11日：有4名妇女被强奸。喝得酩酊大醉的日本士兵在寺庙内胡作非为，他们举枪乱射，击伤多人，并损坏房屋。
1月13日：又来了许多日本士兵，他们四处搜寻并掠走大量粮食，强奸了一位妇女及其女儿，然后扬长而去。
1月15日：许多日本士兵蜂拥而来，把所有年轻妇女赶在一起，从中挑出10人，在寺庙大厅对她们大肆奸淫。一个烂醉如泥的士兵晚些时候才到，他冲入房间要喝酒、要女人。酒是给他了，但是拒绝给他女人。他怒火冲天，持枪疯狂四射，杀害了2个男孩后扬长而去。在回到火车站的路上，他又闯进马路的一间房子，杀害了一位农民70岁的妻子，牵走了1头毛驴，然后纵火把房屋烧了。
1月16日：继续抢劫、奸淫。
1月18日：盗走了3头毛驴。
1月19日：日本士兵大闹寺庙，砸坏门窗和家具，掠走7头毛驴。
大约在1月20日，开来了一支新的队伍，换下栖霞山火车站的岗哨。新来部队的指挥官是个少尉，他心地较好，自他来后，形势明显好转。他在寺庙内设了一个岗，哨兵努力把专来捣乱、偷窃和抢女人的士兵拒之于寺庙大门之外。
因此，我们害怕，一旦这位少尉撤离此地被派往别处，原来可怕的情景会重新出现。所以，我们请求你们，不管是谁，只要能帮助我们阻止重现这种惨无人道的残暴行径即可。
安置在我们这儿的难民百分之八十已失去了一切，他们的房屋被毁、牲口被杀、钱财被抢。此外，许多妇女失去了丈夫，孩子没有了父亲，大部分年轻男子遭到日本士兵的杀害，另一部分则伤的伤、病的病，躺在这里缺衣少药，谁也不敢上街，害怕被杀害，而我们还只剩下少量的粮食储备。我们的农民既无水牛又无稻种，怎能春耕播种呢？
在此，我们所有签名者再次恳请您的帮助。
栖霞山寺庙
1938年1月25日
寂然法师：国难当头接纳难民的栟茶和尚
□陶建明
1937年12月，当南京沦陷，数万名难民潮水般涌向南京栖霞寺时，身为栖霞寺住持的寂然法师，毅然打开寺门，在寺内设佛教难民收容所，接纳2.3万南京大屠杀幸免于难的难民，达4月之久。他不畏艰险，以普度众生、慈悲为怀的佛教教义，保全了千年古寺，保护了难民的安全，而他竟是南通栟茶的和尚。
主持南京栖霞寺
寂然法师俗姓严，1893年出生于东台县栟茶镇（现如东县栟茶镇），13岁丧父，20岁丧母，聘妻未娶，因家业所累，顿感万事空茫人生如梦，出家于栟茶的寿圣寺，拜振禅和尚为师，法名心湛。1909年受具足戒于镇江宝华山隆昌寺，禅定于镇江江天禅寺大彻堂。他勤奋刻苦，精研佛学，素有济世之心。1921年来南京栖霞寺奉事剃度师振禅和尚，初任知客（即寺院里专司接待宾客的僧人），勤理事务。未几，栖霞寺方丈宗仰法师得病，寂然悉心照料，宗仰去世后，若舜接任方丈，对寂然勤恳为众深为感动。1928年担任监院，主持寺内外一切事务。时栖霞寺仅老屋八椽，若舜终年募化四方，寂然在山尽心竭力修建殿堂，综理寺务，数年间各处殿堂房舍相继落成，殿宇巍峨，为金陵丛林首选，每春传戒，并与大本、觉民等法师创办栖霞寺律学院，培养僧才。寂然主持栖霞寺期间，严于律己，讲求操守，在僧众中很有威信。
主动打开寺门接纳难民
1937年冬天，12月13日清晨，经过4天苦战，中国守军在敌人优势火力的进攻下败退，日本军队的大炮轰开了南京城门，日军分六路攻入南京主城区。日本兵冲进民宅烧杀掳掠，老百姓惊慌失措，在南京狭窄的街道上四处奔逃，尽可能地寻找一切可藏身的地方。日本兵用刺刀疯狂刺杀，老百姓尸体遍布整条整条的街道，鲜红的血汇成一条血河。日本兵丧心病狂地奸淫杀戮，南京城一下子变成一座死亡之城。
为了避难，大量难民纷纷逃往下关一带，在江边遭到日军的大肆屠杀；另一部分难民则沿着紫金山一带向东北方向逃去。日军尾随逃难人群紧追不舍，很快就追到了栖霞寺外的进香河一带。在那里，日军与设伏的中国军队展开了激战，难民无路可逃，就涌向了矗立在栖霞山南面的栖霞寺。很快，进香河边的抵抗也告失败，没来得及逃脱的军人脱掉军装，加入逃难人群中。
栖霞寺的当家和尚寂然法师早就听到南京城里震耳欲聋的枪炮声，寺里的小和尚也在藏经楼看到了涌向寺庙的难民队伍。安静的栖霞寺一下子沸腾起来，难民痛苦的求助声、孩子凄厉的哭声、伤兵的呻吟声，充斥在寺院内外。
寂然法师带领着寺里的和尚从正殿出来，在打开寺门的那一刻，他惊呆了，眼前已经聚集了几千名难民，其中大多是老人和孩子。寂然法师没有犹豫，立即打开寺庙大门，给这些可怜的生命提供生存的机会。于是，寺庙的前殿后厅挤满了饥寒交迫的难民，为了尽量躲避寒冷，有的难民甚至躲进了寺庙千佛岩的洞窟里。
面对这么多的难民，寂然法师没有一句怨言，在大本、志开二位法师协助下，以大慈悲之心，将他们一个个收留下来，于寺中设佛教难民收容所4个月之久，并凭借自己的力量与智慧来对付惨无人道的日军，与日军斗智斗勇来救护2.3万难民。当时有些僧人提出不同看法，寂然法师鼓励众僧：“我不入地狱谁入地狱，如今国难当头、众生有难，应当学习阿弥陀佛的四十八愿普度众生，应当学习观音菩萨的慈悲精神为我中华寻声救苦。”
2003年，栖霞寺内挖出石碑。其中有两碑刻着题为《寂然上人碑》，上面真实描述了当时救助难民一事。“（民国）二十六年（1937年）七月，卢沟桥事起，烽火弥漫，旋及沪京。载道流亡，惨不忍睹。上人（寂然）用大本、志开两法师之建议与相助，设佛教难民收容所于本寺。老弱妇孺，护救者二万三千余人，日供两餐，时逾四月……”
掩护抗日将领脱身
在前往栖霞寺避难的两万多难民中，有200多人是抗日军队的军人，其中官职最高的是国民党第二旅中校参谋主任廖耀湘。他当时是日军全城搜捕的对象。当时廖耀湘承担的是守护南京城的责任，南京失守后，来不及撤退的他搭上一个农夫的马车躲过日军搜捕，跟随前往栖霞寺避难的人群藏进了寺里。随行的还有5个军人。
廖耀湘的到来给原本就不平静的栖霞寺带来了更大的危险。当时收留廖耀湘一行人，寺里也存在着争议。寂然法师知道两万多名难民已经让栖霞寺承受了巨大的压力，而收留抗日官兵，无疑增添了更多风险。一旦日本人发现寺内有抗日官兵，所有避难民众与僧人都将性命难保。
寂然法师把廖耀湘等藏到了藏经楼里，不让他们出来，每天亲自给他们送饭。但寂然法师和廖耀湘都明白，待在栖霞寺不是长久之计，要想栖霞寺的难民们彻底安全，廖耀湘必须离开。寂然法师在想方设法保护着廖耀湘的同时，努力与当时南京安全区的外国人取得联系。历尽艰辛，最终栖霞寺僧人联系上当时江南水泥厂难民营的辛德贝格与京特，偷偷将廖耀湘用小船送到了江北。
1945年抗战胜利后，廖耀湘重游栖霞寺感谢众佛门弟子的救命之恩，并且题下了“凯旋，与旧友重还栖霞”的条幅。
