2020年年初，新冠肺炎疫情发生后，全市各级卫生监督机构以高度的责任感、使命感，全员紧急集结，迅速进入一级应急应战状态。作为卫生健康专业行政执法队伍，第一时间启动突发公共卫生事件应急预案，在省内率先制订防控工作方案，成立领导小组，组建专业工作组，依法对医疗卫生机构、集中医学观察点、公共场所、学校、企业、社区等开展全覆盖高频次的监督检查，并通过“颗粒化”科学防控手段，积极落实整改措施，严厉打击各种违法行为。
积极响应联防联控工作要求，参与疫情防控督导，主动担起企业复工复产和学校复学、医疗机构复诊等督查指导，开辟企业消毒剂紧急上市审批“绿色通道”，并派员驻点南京禄口国际机场参加涉外疫情防控专班工作。统筹开展医疗机构、公共场所、学校等重点场所常态化不间断监督检查，组织新冠疫苗接种专项检查活动，参加全市常态化疫情防控督查。
疫情防控期间，全市共出动卫生监督员1.4万人次，检查各类单位2万多户次，查处了一批违法违规案件，为我市疫情防控取得阶段性胜利发挥了积极的保障作用。南通市卫生监督所获评全市抗击新冠肺炎疫情先进集体，另有1名同志获省卫生健康行业优秀共产党员、1名同志获南通市优秀共产党员、1名同志记个人三等功。
