近年来，南通全面启动五山及沿江地区生态修复和保护工作，统筹推进五山及沿江地区产业退、港口移、城市进、生态保，实现滨江城市转型发展。南通港集团在落实长江大保护战略思想和南通五山沿江片区生态修复保护工作上主动作为，在全省率先实施滨江老港区整体腾迁转移，彰显国企责任担当。

2018年，南通市区段狼山港区的集装箱作业区整体搬迁至下游新建的通海港区，把岸线腾出用于生态修复，统筹推进沿江老港区功能调整与新港区开发建设。根据规划，到2022年，通海港区集装箱年吞吐能力将达到200万标箱。百年老港呈现出绿色发展的“美颜模式”，走出了一条经济与生态“双优”的新路。

2020年，面对突如其来的新冠疫情，南通港集团一手抓疫情防控，一手抓复工复产，在认真落实开放口岸防控责任、确保港口“零疫情”同时，打好“战疫情、抓安全、保畅通、稳发展”的“组合拳”，以实际行动当好全市复工复产的先锋队。

南通港通海港区克服疫情影响，加大开发力度，在持续优化内贸航线同时，积极开辟外贸航线，主动融入全球供应链体系，为客户提供全方位、全过程服务。2020年以来,通海港口集装箱业务量逆势上扬，目前已开通内外贸直达航线9条，全年共完成箱量140.6万标箱，同比增长23.8%。公司成功跻身全国江河集装箱港口前三强。