地名重名现象在全世界是个普遍问题，一国、一省之内的重名情况十分常见，南通地区内部的重名现象也非常突出。其中最常见的是以“甲”命名的地名。旧时以甲为划分地域计段名称，处在第一甲的则命名“头甲”，第二甲称作“二甲”，以此类推。今天南通地区境内以“甲”命名的乡镇有通州的二甲镇、五甲镇以及海门的四甲镇，此外较有名的还有海门包场镇境内的六甲，启东吕四港镇境内的三甲。这几个地方彼此之间并非排序关系，而是各自自成一体。如通州二甲镇境内还下辖三甲社区、六甲镇村、九甲坝村等，而海门包场镇下辖有头甲村，以前还有二甲村、三甲村等。如果考虑到自然村的村名，重名程度就非常明显。

与“甲”相似的是“总”。旧以“总”作为盐场划分区域名称。今天含有“总”的建制镇只有通州的十总镇，此外通州曾还设有五总乡。如东境内比较有名的有四总、九总、十总、十四总，海门有四总、五总等，启东有四总、十二总等。其实不仅各县、市、区彼此之间的“总”无关，连一县一区内部的“总”之间也并不一定是同一系统内的排序。金沙、掘港、马塘、栟茶、吕四等曾经的盐场都有自身的一套含“总”的排序地名。

“甲”和“总”相关地名遍布南通地区，较容易混淆，但并不违反相关规定。按《地名管理条例细则》《江苏省地名管理条例》等规定，省内乡镇不得重名，县（市、区）内居民委员会、村民委员会不得重名，乡、镇内自然村名称不应重名。这样，所有的“甲”“总”关联地名的重名均为合理。

南通地区的行政区划重名还有很多，如海门区有包场镇，如东县丰利镇有包场村，海安市李堡镇原本也有包场村，后与堡南村合并为李堡村。又如如东县有马塘镇，而如皋市城南街道下设马塘村；海门滨江街道下辖大兴村，启东惠萍镇同样有一个大兴村；海门与启东都还拥有名为“东兴镇”的集镇……同样，这样的重名也是合乎规范的。

但南通地区历史上的一些重名地名并不合乎情理。民国时的南通县同时存在两个二甲镇，其一则为今天的通州区二甲镇，另一个二甲镇则位于现在海门港新区（包场镇）原刘浩镇镇区东南方向，现在仅是自然村。从北洋军阀时期到国民政府时期，两个二甲镇长期并存于同一个县内。

另一个重大重名问题则出现在海门与崇明之间。1957年，海门县、崇明县于同一年设置三星乡。此时崇明尚未划归上海市，与海门县不仅同属一省，还同属江苏省南通专区，且是相邻的县，两个三星乡并存显然是不合理的。

至于“东马塘”和“西马塘”，虽然现在不在同一市县，但如皋、如东历史上同为如皋县。“东马塘”即如东县马塘镇，在宋代就有“马塘场”之称，而位于如皋的“西马塘”，得名于明代。也就是说，在明代的如皋县，同时存在两个“马塘”，这样的情况也是容易造成地名混淆的。

随着历史变迁以及地名规范化的深化，南通地区的重名问题越来越弱化，地名的唯一性特征则越来越清晰化。